一、树的处理
用段木栽培法生产黑木耳，首先要选好适合的耳树，并进行截短，便于运输。然后对树进行两步处理。第一步，晒架。截短后，把段木放在地势高燥，阳光充足的地方，按不同树种和同种树种不同的规格，以“井”字形堆叠架晒，堆高1米。阴雨天用薄膜覆盖防潮，每10~15天翻堆1次，把上下里外掉换一下，以便干燥均匀。30天后，段木横断面为黄白色，呈现放射状小裂纹，内皮层退绿，敲之音脆，闻之略酸，不再长不定根和不定芽，芽不萌发，七八成干就可以了。
第二步，烧木。将段木用火烧或火燎，加速其组织死亡，杀虫灭菌，增温保湿，以利菌丝的生长。一般方法是先在地面挖个坑，放2根粗木头，把截好的段木铺在粗木头上。坑内生火，烧时来回转动段木，直至烧焦外皮，注意不要伤内皮。黑木耳菌丝生长要求耳木含水量为60%~70%，因此，晒架后要浸水，使其含水量达到这一要求，以利接种后发菌。
二、接种
2~3月气温稳定在5℃以上，就可开始接种了！在3℃以上也可提早接种。早接种，早发菌，早出耳，产量高，质量好。这是因为早接种，气温低，杂菌少，且段木含水量适宜，操作省力，菌丝成活率高。而且正好是农闲季节，不争劳力，梅雨前基本上发好菌，正好赶上雨季出耳，提高了一年中产量最高、质量最好、价钱最贵的春耳产量。
接种一般选择雨后初晴的天气，但不能在阳光下接种，要防止晒干菌种。接种前，用电钻或接种器打洞，行距4~6厘米，穴距6~8厘米，穴深1.5~1.8厘米，穴径1厘米，穴位成“品”字形，然后用枝条种或锯屑种接种。每瓶菌种接15~30公斤段木，每根段木（直径10厘米，长1米）50~穴。用枝条种接种的，接种后，不要覆盖洞口；用锯屑种接种，八成满即可，要用树皮覆盖。接种要紧（用比洞口稍大的枝条菌种，接种于洞口上）、要平，接后穴四周涂蜡（但不能涂入穴内）。接种时必须连续作业，边打洞，边掏菌种，边接种。
三、后期管理
用段木栽培法生产黑木耳，后期管理主要有两个步骤。第一步是上堆。接种后，上堆发菌，使菌种尽快地在段木内生长。先把场地打扫干净，按不同树种，同一树种不同的规格，分别以“井”字形堆叠，高1米上下，并用薄膜覆盖，保温保湿（堆内保持24~28℃，空气湿度70%）。每7~10天翻堆次，上下内外调换一下，使堆的各部分段木温湿度一致。上堆时间因树种和气温不同而有所不同，耳木细，木质松，气温高，堆的时间短，反之时间长。
接种后20天左右，普遍检查一次成活率，一般取下枝条菌种和盖在菌种穴上的树皮。若菌种表面生了白色菌膜，表明已接种成活。接种穴中出现黄色干燥松散的锯屑菌种，或黑色有粘性的锯屑，都应重新补接。接种穴出现黄色、绿红色、褐色，说明是杂菌污染，个别污染的用1%~3%的生石灰液，或2%~5%的漂白粉液，或75%酒精消毒。普遍污染的，应弃之不用。还要防止害虫啃食菌种。
第二步是散堆。上堆30~40天，段木上有少量耳芽出现，就要散堆排场，把每根段木平铺地上，一端或两端架起。晴天，每天喷水1次。每10天上下翻动1次，改变其位置，使其吸潮均匀，经30天就能出现大量耳芽。在生产中，常见上堆后期和散堆前期，在接种穴附近出现子实体。它们大都是从菌种上长出来的，菌丝并未深入到段木中，吸收不到更多的营养物质，生活力还是很弱的。原因是段木含水量太高。这时不要急于大量喷水，子实体即使干缩也不要紧，以免菌丝不能深入段木，导致耳片小而薄，易烂耳，耳芽日益减少，甚至不再长耳。